Profesor Stefan Jurga był prorektorem, a później rektorem UAM. Stworzył Centrum NanoBioMedyczne UAM. Za jego kadencji powstały ośrodki UAM w Kościanie, Śremie, Wągrowcu, Nowym Tomyślu i Pleszewie.
W wieku 75 lat odszedł profesor Stefan Jurga. W latach 1990-1996 był prorektorem Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu. Później, do 2002 roku pełnił funkcję rektora uczelni. Za jego kadencji rozbudowano kampus Morasko i przeniesiono tam Wydział Fizyki, Matematyki i Informatyki oraz Biologii. Powstały w tym okresie również ośrodki UAM w Kościanie, Śremie, Wągrowcu, Nowym Tomyślu i Pleszewie.
Od zera, wraz z zapleczem badawczym, stworzył Centrum NanoBioMedyczne UAM. Placówka ma wartość ponad 100 mln złotych. Profesor Jurga był jej dyrektorem od 2010 roku. Pracuje tam ponad 100 naukowców z całego świata.
To centrum jest chyba najważniejszym, bliskim mojemu sercu dziełem, dlatego, że tutaj się dokonuje coś, co było marzeniem mojego życia. – mówił profesor Stefan Jurga.
Profesor znacząco przyczynił się również do powstania Collegium Polonicum w Słubicach nad Odrą i Kolegium Europejskiego w Gnieźnie. W latach 1999-2002 był przewodniczącym Konferencji Rektorów Uniwersytetów Polskich oraz wiceprzewodniczącym Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich. W okresie od 2005 do 2006 roku był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Edukacji i Nauki. Do 2007 roku pełnił funkcję sekretarza stanu Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
Rektor Stefan Jurga był też jedną z osób, które broniły arcybiskupa Paetza oskarżonego o molestowanie kleryków. Jurga znalazł się wśród osób, które podpisały publiczny list w obronie arcybiskupa w którym znalazło się zdanie – „Dobre imię człowieka jest w ziemskim porządku rzeczy jego najwyższym dobrem i wartością podlegającą ochronie na płaszczyźnie moralnej i prawnej”. Dobro molestowanych młodych mężczyzn nie było dla autorów listu tak ważne.
